Kuşadası’nın ne zaman ve kimler taraından kurulduğu kesin olarak bilinmemektedir. Fakat bazı yerleşim yerlerinin adlarına bakılırak Kuşadası’nın İyonlar tarafından kurulduğu düşünülmektedir.
Kuşadası önceleri Pilavtepenin eteklerinde bulunan Andızkulesinde kurulmuştur. O zamanlarda Bizans sınırları içinde bulunan bu kıyılar, daha sonra Cezayir ve Venedikliler bu kıyılarda ekonomik alanda olarak egemen olmaya başladılar. Daha sonra kıyıya daha kolay ulaşım sağlamak için şehir Andızkulesinden bugünki mevkine taşındı ve Yeni İskele(Scala Nuova) adını aldı.



Kuşadası’nın da içinde olduğu Kuşadası Körfezi’nde ve çevresinde ilk çağlardan beri çok sayıda medeniyet var olmuştur ve bu alanda yoğun olarak kültür sanat faaliyetlerinde bulunulmuştur. M.Ö. 3000 yıllarında Leleger, M.Ö. 11.yüzyılda Aeolyalılar, M.Ö. 9.yy’da İyonlar bölgede hüküm sürmüşlerdir. Antik çağlarda, Büyük Menderes ve Gediz akarsularının arasında bulunan bölge İyonya olarak adlandırılırdı. İyonyalılar tüccar ve denizciydiler, denizaşırı ticaretler yatılar ve bunun sonucunda ekonomik olarak güçlendiler. Bu ekonomik gün yanında siyasi gücü de getirdi ve “İyon Kolonileri” adı verilen 12 şehir kurdular.
Kuşadası antik çağlarda Neopolis olarak adlandırılmıştı ve Anadolu’dan Akdeniz’e geçişi sağlayan en önemli limanlardan biriydi. M.Ö. 7.yüzyılda is bölgeyde Lidyalılar hüküm sürmeye başladılar.
Bölgede M.Ö. 546’da Pers Hakimiyeti başlar ve bu hakimiyet M.Ö. 334’de Büyük İskender’in tüm Anadolu’yu ele geçirmesine kadar devam edecektir. Büyük İskender doğu ve batı kültürünün sentezini yapan kişi olarak, Andalolu’daki Yunan medeniyeti ile yerli Anadolu Medeniyetini sentezlemesi sonucunda yeni bir çağ yeni bir kültür sanat anlayışı doğmuştur. Bu çağ ‘’Heletistik Çağ’’ olarak bilinir ve Efes, Milet, Priene ve Didim bu dönemin en ünlü şehirleridir.
M.Ö. 2.yüzyılda bölgeye Romalılar hakim oldular. Meryem Ana ve havarilerinden St. Jea’ın Hristiyanlığın ilk yıllarında Efes’e gelip yerleşmesiyle bölge Hristiyanlar için dini merkez haline geldi. Aynı dönemde, Hristiyanlık Çağı’nda Miletus bir Piskoposluk merkezi haline geldi ve Bizans Çağında ‘’Ania’’ adını aldı. Orta Çağa gelindiğinde ise Kuşadası korsanlar tarafından kullanılan bir limandı ve 15.yy.da, Venediklilerin ve Cenevizlilerin hakimiyeti sırasında şehir “Scala Nuova” adını aldı.
1086’da Süleymanşah bölgeyi Selçuklu Devletine dahil eder ve bölgede Türk egemenliği başlar. Bu dönemde, bölge kervanların Ege Denizine açılan bir ihraç kapısıdır. 1. Haçlı Savaşından sonra bölge tekrar Bizans egemenliğine girdi. 1280’lerin sonunda Menteşeoğulları, 1300’lerin başında Aydınoğulları bölgede hüküm sürdü. 1397-1402 arasında bölge Osmanlı Devleti’nin egemenliğine girdi. Aydınoğulları 1402 de bölgeyi ele geçirdi fakat 1425’te bölge yeniden Osmanlı topraklarına bağlandı.
Kuşadası 1413 yılında 1. Mehmet (Çelebi) tarfından Osmanlı topraklarına katıldı. Bu tarihten sonra şehre tamamen Türkler egemen oldu ve Türklerin eserleri oluşmaya başladı. Bunlardan en önemlileri bugün hala var olan Kervansaray ve Kuşadası’nı çeviren surlardır, ve Mehmet Paşa tarafından yapılmıştır.
Şehir surlarla çevriliydi ve anca üç kapılardan şehre girilebiliyordu. Bu kapılardan bir tanesi, Barbaros Hayrettin Paşa Caddesi ile Kahramanlar Caddesini birbirinden ayırmakta ve halk arasında ‘’Kale Kapısı’’ olarak bilinmektedir.Diğer iki kapı ise bugün bulunmamaktadır.
Zamanında Bizanslılar için önemli bir askeri üst olan Güvercinada 1834 yılında yenilenmiştir ve bugünkü kalesi inşa edilmiştir. Şehir adını bu kaleden alır.
Kuşadası Kurtuluş Savaşıı’nda 1919 yılında önce İtalyanlar tarafından işgal edilmiş onların çekilmesiyle 1921 yılında Yunanlıların işgaline uğramıştır. 7 Eylül 1922 tarihinde ise düşman işgalinden kurtulmuştur.